目前認證行業魚龍混雜，企業在選擇認證服務的時候，就需要好好比較，正確的選擇適合于企業未來發展的認證機構。
每個企業都按六個原則來選擇，又堅持用三個方法的比較，就能選出一個好的、滿意的、可信賴的認證機構。
掌握六個原則：每個企業在選擇機構時一定要按六個原則辦。
第一個原則是看這個機構是否有認可委批準的，能否能直接頒發證書的權威機構。
第二個原則是看這個機構的實力如何，即人力資源，看有多少驗證審核員，高級審核員和審核員，看專、兼職審核人員的數量，這是確保審核質量的前提；
第三個原則是看這個機構信譽如何？是否規范？受過處分沒有？挨過通報沒有？社會反映如何，作風怎樣，行為道德怎樣。
第四個原則是看這個機構的服務怎樣，是否處處為企業著想，讓企業滿意，選擇好服務可以為企業帶來長期好處。認證機構是一種中介服務機構，提供的服務水平由于管理水平、歷史、經濟實力等因素不同而有較大的差異，一般地說，品牌好、知名度大的認證機構比較注重自身形象和服務質量。同時服務質量好的認證機構，還能為企業提供除認證審核之外的有用的增值服務。
第五個原則是就地就近，盡量減少交通費用，接待費用，降低認證成本，就地就近又有利企業與機構溝通，有利于企業持續改進。
第六個原則是最好不要把選擇認證機構的權力交給咨詢機構。咨詢機構一般在企業獲證后即撤出，而企業獲證只是認證工作的開始，獲證后企業每年都要接受認證機構的監督審核或復評。所以說企業最好自主選擇適合于自身的認證機構。
當然在選擇過程中往往要受到各方面的干擾和影響。比如有個別的上級領導，當地政府官員的干預，違心地選擇了外地機構，結果給企業帶來不僅費用增加，而且給接待上添了很多麻煩，審核質量還得不到保證。
有的外地機構辦事處，分中心，明知違規，為了開拓市場，用低價來拉企業，但有的企業貪圖便宜，結果上當受騙。往往這種低價中無好貨，用低價拉進去，然后再關著打你，不斷增加各種費用，實際算下來價格并不低。
有的人用辦出口許可證和3C強制性認證來強迫企業要找他的機構認證否則就不給辦許可證，實際是一個行業壁壘，這是違規的，國家再三強調不能用行政的權利來干預企業自愿性認證。
國家認監委主任王鳳清指出：認證的行業壁壘已經成為影響和制約認證認可工作健康發展的一大頑癥。如果我們不按市場規律來運作，依靠行政手段對認證進行干預，為行業的認證機構支撐保護傘，認證認可管理混亂的局面就不可能結束。凡是經國家認可委批準的機構頒發的證書是國際互認的，證書作用和效果都是一樣的。還有的分支機構打著咨詢認證包下來的作法也是違規的，實質是賣證書，是搞認證咨詢一條龍。總之，在選擇機構時，要多長心眼，多思考，多分析，多調查，多了解，多比較，慎重地作出選擇，這是一個企業認證方面的終身選擇，選好機構，就會終身受益。
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